Tout comme pour d'autres types de production de nourriture, le consommateur semble intéressé par l'aquaculture biologique. Bien que les éleveurs de poissons aient mis du temps à adopter les normes biologiques, beaucoup d'entre eux soutiennent que les pratiques aquacoles modernes sont presque “biologiques” dans le principe mais n'ont pas exactement la même interprétation. Les principaux principes de l'aquaculture biologique sont les suivants:

• contrôle de l'impact environnemental
• procédures d'élevage naturelles sans utilisation d'hormones et d'antibiotiques
• intégration d'un ensemble de plantes naturelles dans la gestion de l'élevage aquacole
• pas d'utilisation de fertilisants non-biologiques (uniquement valable pour les éleveurs de carpes)
• pas de pesticides ni d'herbicides synthétiques
• nourriture et fertilisant certifiés par l'agriculture et la pêche biologique
• critère biologique de la durabilité des sources de viande de poissons
• absence d' OGM dans les stocks et la nourriture
• densité de stockage limitée
• restriction de la consommation d'énergie (par ex. en ce qui concerne l'oxygénation)
• préférence pour les médecines naturelles
• activité dans des installations biologiques approuvées