Akvakultur har eksisteret i Danmark i mere end 100 år. Produktionen af regnbuerørreder er langt det mest almindelige. Regnbueørreden opdrættes såvel i ferskvandsdambrug, som i saltvandsbaserede anlæg. De saltvandsbaserede anlæg pumper vand ind i anlæg på land eller, hvad der er mere almindeligt, ligger som havbrug i de indre danske farvande.

Siden midten af 1980'erne har udviklingen indenfor opdrætssystemer med recirkuleret vand gjort det muligt også at opdrætte andre fisk, primært ål.

Akvakultursektoren i Danmark repræsenteres af Organisationen Dansk Akvakultur (ODA), blandt hvis medlemmer  man finder brancheorganisationerne Dansk Dambruger Forening, Dansk Havbrugerforening og Dansk Åleproducentforening.