Προτού χρησιμοποιηθεί το θαλασσινό νερό στο σύστημα ανακυκλοφορίας πρέπει να υποστεί μια αρχική επεξεργασία για να διασφαλιστεί ότι δεν περιέχει παθογόνα, που ενδέχεται να είναι επιβλαβή για τους ιππόκαμπους.
Το θαλασσινό νερό αντλείται μέσα από μια σειρά φίλτρων άμμου, που μειώνει το μέγεθος των αιωρούμενων σωματιδίων στο νερό στα 25 micron. Μετά περνά μέσα από μια σειρά κεφαλών, που στη συνέχεια φιλτράρουν το νερό στα 20, 10 και 5 micron.
Κατόπιν το νερό περνά από έναν εναλλάκτη θερμότητας για να ανέβει η θερμοκρασία του νερού από περιβάλλοντος στη σωστή θερμοκρασία για την καλλιέργεια των ιππόκαμπων.
Το επόμενο και τελικό στάδιο της διαδικασίας είναι η διέλευση του θαλασσινού νερού από ένα Υπεριώδες (U.V.) φίλτρο, που σκοτώνει όσα βακτήρια είναι παρόντα. Αν υπάρχουν αιωρούμενα στερεά, καλύπτουν τα βακτήρια και τους επιτρέπουν να αποφύγουν την επεξεργασία. Εξ ου και η ανάγκη για την ύπαρξη του αρχικού συστήματος φιλτραρίσματος.