De manière claire, chaque activité présente un potentiel de pollution mais le secteur entier de l'aquaculture se bat en faveur de la protection de l'environnement. Tant au niveau de l'association qu'au sein même des compagnies, des améliorations sont continuellement mises en oeuvre pour obtenir de meilleures pratiques de management .

L'impact de l'aquaculture sur la qualité de l'eau - suite aux décharges d'azote (N), de phosphore (P) et d'autres matériaux (principalement des aliments non mangés) - a attiré l'attention du public, des groupes de pression, des écologistes et des autorités impliquées dans le management des ressources aquatiques.

Il y a quelques années, l'agence écossaise de protection environnementale, SEPA, a publié des estimations du poids des composés, contenant de l'azote, déchargés par les saumons d'élevage comme 100 kg par tonne d'alimentation utilisée. Même si ces estimations sont, maintenant, largement dépassées, elles continuent, malheureusement, d'être citées.

Des évaluations plus précises et modernes estiment que c'est 32kg d'azote par tonne de saumons produits avec un phosphore de 7 kg, toujours par tonne de saumons produits. De tels niveaux sont relativement faibles en comparaison de la décharge d'azote et de phosphore dans la mer par les activités terrestres humaines et, bien sûr, par le cycle naturel de vie dans les mers.

La compagnie Nutreco s'est impliquée dans des études communes, par exemple en Ecosse, pour enquêter sur les impacts des activités d'élevage de saumon. Les informations provenant de ces études confirment que l'impact a diminué de manière significative au cours des 30 ans d'histoire de l'élevage moderne des poissons. On peut, donc, s'attendre à de nouvelles réductions dans le futur.

Des études, par exemple de l'association de biologie marine écossaise (aujourd'hui l'association écossaise pour les sciences marines) et à la demande de l'association des éleveurs de saumon de Colombie britannique (une étude de 2 ans de 600,000 $), ont démontré que l'accumulation des déchets provenant des élevages de saumon est limitée en distance autour de la ferme (moins de 200 mètres) et dans sa durée, le lit de la mer étant capable de retourner à son état d'origine en quelques mois.

Comme l'aquaculture moderne continue d'évoluer, les sites d'élevage sont localisés de plus en plus loin en mer où la profondeur de l'eau est plus grande. Dans ces endroits, les installations d'élevage (flottantes et/ou en cages) sont aussi exposées à de plus hauts niveaux de mouvement de l'eau et des courants plus rapides. Cela favorise, ainsi, une dilution plus rapide des matériaux de déchets.

Les mesures sur la faune et la flore, aux alentours des élevages de saumon, sont utilisées par la SEPA comme éléments dans leurs procédures d'accord de permis aux fermes marines.

Depuis l'avénement de l'élevage moderne de saumon, des investissements ont été fait dans la recherche par des corporations ainsi que des institutions de recherche (R) et développement (D). Le développement d'aliments plus efficaces combiné avec des améliorations dans le managment alimentaire et dans les systèmes (par exemple des caméras de télévisions sous-marines et des systèmes de Dopller) ont réduit de manière significative les montants de nourriture qui restent immangés.

Minimiser la nourriture non mangée est une préoccupation écologique et économique importante pour l'éleveur. L'alimentation moderne est hautement digeste et les poissons la convertissent de manière efficace en viande (chair). Comme résultat direct, le poisson produit de relativement petits montants de feces. La recherche continue activement de développer le contenu et la technologie de fabrication des aliments pour fournir des conditions optimales pour les poissons et la santé.