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Les membres fondateurs de la Fédération sont les Associations Nationales de Producteurs de France, de Belgique, d'Allemagne et d'Italie, qui suite à une réunion qui s'est tenue à Genève en 1968, ont créé la "Fédération Européenne de Salmoniculture", association reconnue en France. A ce moment, la principale espèce concernée par les activités de la Fédération était la truite, surtout la truite portion (± 300 gr.). Aujourd'hui, d'autres nations importantes produisent la truite, comme le Danemark, l'Espagne et le Royaume-Uni.
Avec le développement de la production de saumon, la FES s'agrandit incluant parmi ses membres les pays nordiques tels que la Norvège, la Finlande et la Suède. Le secteur se voit représenté encore d'avantage avec l'adhésion des Associations du Royaume-uni, d'Irlande, d'Islande et des Iles Feroe.
En 1994, alors que la production de bar et de daurade ne cesse de croître en Méditerrannée, la FES décide de changer ses statuts pour permettre de chapeauter tous les aspects de l'Aquaculture européenne, et devient la Fédération Européenne des Producteurs Aquacoles, connue sous le nom de la FEPA. Depuis ce changement, les Associations nationales de Grèce, d'Espagne, de Chypre, de Turquie et de Malte sont également devenues membres de la FEPA.
En 1995, l'Assemblée accepte les candidatures de la République Tchèque et de la Pologne (truite) qui deviennent ainsi les premières associations de l'Europe de l'Est représentées au sein de la FEPA.
Les toutes dernières adhésions sont celles de :
- l'Association des Pisciculteurs Hongrois, HAKI
- l'Association Portugaise des Producteurs Aquacoles, ANAQUA
- l'Unité Aquaculture de la Chambre de Commerce de Croatie
- l'Association des Pisciculteurs Maltais
A présent, la FEPA compte 28 associations différentes, provenant de 23 pays européens. Leurs représentants font part régulièrement des nombreuses questions qui affectent le secteur professionnel des producteurs, fournissant ainsi des informations comparables d'un point de vue national et régional sur la manière dont l'aquaculture européenne est gérée et développée.
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