Til tross for betydingsfulle teknologiske fremskritt, er akvakultur fremdeles avhengig av hvilke ressurser som finnes, og hvilken tilstand miljøet er i.  Akvakultur kan påvirke miljøet, samtidig som det blir påvirket av og reflekterer annen menneskelig påvirkning på miljøet.

I GESAMPs oversikt om 'Tilstanden til det marine miljøet', blir akvakultur ansett for å være en av mange menneskelige aktiviteter som påvirker sjøen. Uten å være spesielt grundig, viser den sammen oversikten mange eksempler på forringelse av det marine miljøet, særlig:

• utvikling av kystsoner,
• utslipp av avløpsvann,  industriavfall og kloakkslam,
• transport av risikoprodukter inkludert olje,
• utnyttelse av fossile ressurser som olje, gass og mineraler,
• utnyttelse av levende marine ressurser.

Likevel, det er ikke bare å ramse opp aktivitetene som kan ha potensiale for å skade miljøet. Man må kunne identifisere problemene og bestemme hvor stort ansvar hver enkelt har med hensyn til miljøet, samtidig som man må opprettholde et riktig perspektiv på hvor viktig det forurensende stoffet er.

Det er også viktig å lage et skille mellom aktiviteter som ikke direkte påvirkes av miljøforringelse, og aktiviteter som blir det. En oljetanker som dumper olje i sjøen risikerer en rettslig sanksjon, men det ødelegger ikke tankeren selv. På den andre siden har vi akvakultur, som er svært sensitivt i forhold til forurensning, inkludert forurensning fra akvakulturvirksomheten selv.

Dette gjør det viktig at akvakultur utvikles med respekt for miljøet, og får mulighet til å overleve og forbli økonomisk levedyktig.

Noen viktige områder for videre utvikling av EUs akvakulturindustri er summert opp i det følgende:

• Vitenskapelige undersøkelser med tanke på utvikling av driftssikre metoder for å behandle avløpsvann fra intensive oppdrettsanlegg,
• Forbedring av fôrsammensetningen for å øke fordøyeligheten og på denne måten redusere det organiske avfallet.
• Utvikle semi-intensive akvakulturprosjekt som er forenlige med bevaring av viktige våtmarksområder,
• Utvikling av marine produksjonsenheter som kan operere offshore (vanligvis på dypt vann) der det er sterke strømmer.
• Gjennomføre grunnleggende undersøkelser av oppdrettede bestander og effekten av avl/genetikk både innen kommersielt oppdrett og innen kultiveringsprosjekter.

Alle disse er viktige bidrag for å oppnå de aktuelle prospektene for at akvakultur skal kunne opprettholde en bærekraftig vekst, både i innlands- og kystområder, og uten å forårsake skader av betydning på miljøet. Grunnlaget for balansen mellom utvikling av akvakultur og miljøvern er en kombinasjon av utdanning, informasjon, driftsrutiner og lovgivning som må være basert på gyldig vitenskapelig kunnskap. Aquamedia vil fortsette å utvikle denne delen for å beskrive utviklingen av kunnskap om samvirkningene mellom akvakulturvirksomheten og miljøet.