Malgré les progrès technologiques significatifs, l’aquaculture reste une activité qui dépend des conditions et des ressources de l’environnement dans lequel elle est réalisée. L’aquaculture peut avoir un impact sur l’environnement mais, en même temps, elle est affectée et reflète tous les impacts créés par les autres activités humaines sur l’environnement.

Dans une enquête réalisée par GESAMP sur « L’état de l’environnement marin », l’aquaculture est considéré comme une des nombreuses activités humaines qui affectent la mer. Sans être exhaustive, la même enquête cite beaucoup d’exemples qui provoquent la dégradation de l’environnement marin, notamment  :

• le développement des zones côtières,
• les décharges d’eaux résiduelles, d’eaux usées et de déchets industriels,
• les transports de substances dangereuses, y compris le pétrole,
• l’exploitation de ressources non vivantes comme le pétrole, le gaz et autres minéraux,
• l’exploitation des ressources vivantes marines.

Néanmoins, ce n’est pas suffisant de faire la liste des activités qui peuvent avoir un éventuel impact néfaste. On se doit d’identifier et de quantifier les responsabilités de chacun vis-à-vis de l’environnement, tout en maintenant la perspective exacte de l’importance éventuelle du polluant.

Il faut faire la distinction entre les activités qui ne sont pas affectées par la dégradation de l’environnement et celles qui le sont. Un pétrolier qui déverse du pétrole en mer court le risque de sanctions légales mais ne s’abîme pas. Par contre, l’aquaculture marine est extrêmement sensible à la croissance de la pollution, due à de nombreuses causes dont celles qu’elle crée elle-même.

C’est pourquoi il est indispensable que l’aquaculture se développe dans le respect de son environnement (dans le but d'être capable de survivre et de rester économiquement viable) en assurant, ainsi, sa survie à long terme.

Au sein de l’industrie aquacole européenne, en matière de développement, on met l’accent sur certains points:

• 1. La recherche scientifique s'est tournée vers le développement de méthodes fiables dans le traitement des eaux résiduelles des fermes aquacoles intensives,
• 2. Les progrès de la composition des aliments qui permet d’accroître la digestion totale et donc de réduire les déchets organiques,
• 3. La tendance à développer des projets d'aquaculture semi-intensive qui sont compatibles avec le maintien des wetlands, importants pour la conservation de la nature,
• 4. Le développement d’unités de production marine pouvant fonctionner dans des sites offshore (habituellement en mer profonde) où les courants sont forts, 
• 5. La recherche fondamentale accrue sur les populations cultivées et sur les effets des programmes d’alimentation pour l’élevage sélectif ainsi que pour les projets de conservation.

La réalisation de toutes ces aspirations soutiendra les perspectives actuelles de l’aquaculture à garder une croissance durable, aussi bien en eaux intérieures que côtières, sans causer de dommage significatif à l’environnement. Naturellement, la base de l’équilibre entre le développement de l’aquaculture et la protection de l’environnement nécessite une combinaison d’éducation, d’information, de gestion et de législation qui doit être fondée sur une connaissance scientifique valable et contemporaine. Aquamedia continuera de développer cette section afin de décrire l’état actuel et l’état d’avancement des connaissances relatives aux interactions existant entre l’aquaculture et l’environnement.